La production scientifique du CIRES se réalise grâce à trois types de structures :

cinq divisions de recherche (Division de la Recherche en Economie et Sociologie Rurales ; en Macroéconomie et Modélisation ; en Ressources Naturelles et Environnement ; en Ressources Humaines et Lutte contre la Pauvreté  ; en Economie des Institutions et Microéconomie Appliquée) ;

trois cellules qui mettent l'accent sur la recherche appliquée, (Cellule Genre et Développement, Cellule d'Analyse des Relations Economiques Internationales, Cellule d'Analyse de Politiques Economiques) ;

trois divisions d'appui à la recherche (Division de la Statistique et de l'Informatique ; de l'Animation Scientifique et celle de la Bibliothèque , des Nouvelles Technologies et de la Formation Continue )